При открытии ООО автоматически должен быть ген. Дир, даже если он учредитель. Как не смешно но он сам с собой должен заключить трудовой договор и платить з/п. Штрафы будут от налоговой, пфр и фсс. Вы отчеты сдаёте? Среднесписочную численность должны подавать. Если отчеты нулевые, движений денег нет, то можно оформить отпуск за свой счет, а если есть движуха, выставлялись счета, подписывались договора и т.п. то следовательно гендир не мог быть в отпуске за свой счет, т.е. как минимум он должен работать в те дни когда совершались какие либо хозяйственные операции.