Скорей всего дело в активном контроллере, САТА ( в смысле не сам контроллер, а взаимодействие с северным мостом) уже, года два как, позиционируется для работы без FDD. Еще год, и о 3,5 FDD останутся только воспоминания.
Хотя почему у тебя такое началось после определенного времени, это вопрос...
Альфа, эт фигня на самом деле, такая ж проблема случилось со временем у клиента.
Флоп стал выдавать постоянно в винде "открыта дверца шторки"..тоже внезапно

год винда жила, и бац - получай.
Отрубил флоп, все закончилось.