> бъясните, пожалуйста, в чем различия?
> на каком лучше устанавливать ОС?
Различний очень много как на физическом уровне, так и программном. Если коротко, то SATA - более современный и быстрый интерфейс, PATA - стремительно устаревает.
> а что такое AHCI ?
AHCI - родной программный интерфейс SATA. Как показывает практика, в большиснве случаев у народа SATA контроллер работает в режиме эмуляции IDE. Это ужасно. Производительность падает, процессор грузится лишней работой. Чтобы воспользваться преимуществами SATA, надо сделать над собой усилие и осились установку AHCI драйвера с дискеты во время установки Windows XP. Для Висты это не потребуется в большистве случаев.
> Сомнительное преимущество, т.к. скорость считывания с самих винтов во много раз ниже скорости интерфейса.
Это уже давно не так. Скорость чтения современных жёстких дисков уже приближается к 80 Mb/s, что есть практически предел PATA. Но есть ещё одна штука - RAID. Вот тут PATA уже сливает по-полной. Именно из-за ограничений интерфейса. На графике отлично видна чёткая, ровная прямая, как в старые недобрые времена ISA контроллеров.