Я обычно для перегона звука (если мало файлов) пользуюсь вещью под названием: BeHappy 0.1.9. (Можно скачать у меня на фтп).
Вообще софтина для перегона звука фильмов, но берет все что угодно.
(Кстати сказать, при енкодинге звуковых дорожек фильмов даже звук оттуда при этом вычленять не надо.. можно сразу выбирать файл avi, mkv и т.п. и кодить из них непосредственно. Вообще, перегоняет из любого формата в любой... И даже DTS :P )
P.S. Может запросить AviSynth, если что - он есть, например, в LightAlloy :-)