У нас на работе похожая задачка была, только у нас на 14 рабочих станциях поставили по 2 сказевых винта, гигов по 160 кажется, и решили что первый винт будет рабочий, а второй полной копией первого на случай поломок.
Вот я на первый винт первого компа ставил и настраивал линукс, а потом переставляя винты из компа в комп клонировал его еще на 27 винтов.
Пользовался двумя дискетками: первая загрузочная с FreeDOS, на второй Ghost 2008 досовый.
Простой удобный графический интерфейс, мышку понимает, запуск клонирования несколькими кликами.
У меня полное клонирвоание с диска на диск занимало что то около 40 минут.
Еще как вариант загрузка LiveCD с чем нить юникс подобным (Linux, Minix, BSD) и не монтируя раздела хардов выдать в консоли что нить вроде:
dd if=источник of=приемник
