законодательством не запрещено на любом этапе осуществлять технический надзор за проведением строительных работ, в том числе с привлечением сторонней организации или специалиста. В принципе, как вариант, (рассуждаю логически по опыту, ни в коем случае не принуждаю к действию))) в досудебном порядке можно написать официальный вызов представителя ответчика в связи с обнаружением некачественно выполненных работ, объем или характер коих не соответствует договору, либо нормам, либо ТЗ, либо всему и сразу, для составления двустороннего акта о выявленных несоответствиях. Если ответчик не явится , либо не подпишет акт, то желательно сделать в акте отметку об этом и подписать третьей стороной (в вашем случае это может быть привлеченная по договору экспертная организация). Если ответчик подпишет акт и сделает в нем отметку что не согласен, то, по согласованию сторон, может быть нанята независимая экспертиза, которая расставит все точки. При любом из двух раскладов претензия, далее суд, если добровольно не согласится ответчик (а он не дурак, он не согласится добровольно). Вероятность положительного исхода крайне высока.
пысы: нормальный юрист в суде скорей всего отвоюет право не делать повторную судебную экспертизу при наличии вашей экспертизы, в связи с тем, что скрытые работы уже закрыты и установить качество скрытых работ на момент суда крайне затруднительно (опять же по опыту судебной практики).
пысы2: подобная судебная практика для юриков в арбитражах, а т.к. у вас одна сторона юр. лицо, вторая физ, то у вас подведомственность судов общей юрисдикции. Но, думаю, там схема примерно такая же будет.