Где-то это уже обсуждалось, но все заключается на нескольких идеях.
1. Установка более качественных вентиляторов, не шумящих механически.
2. Уменьшение скорости всех вентиляторов ниже 1000-1500 об/мин. Соответственно, где будет необходимо - увеличиваем их диаметр.
3. Нанесение шумоизоляционного материала на стенки корпуса.
Либо - да, водяное охлаждение, но грамотное. Если нет цели сделать очень интенсивное охлаждение или сбросить шум до 0 - смысла в нем нет.
Резиновые прокладки, как самое простое решение, помогают, но не всегда. Иногда могут даже увеличить шум и вибрацию из-за резонансных явлений.