Так ведь уже 3-ий Microsoft .NET Framework вышел...
фреймворки работают независимо - каждый билд... можно одновременно скоко хошь установить... каждая прогу будет юзать ту, что ей нужна, и требовать необходимую ей.
это одна из основных концепций .net
подразумевается что и проги под .net так же независимы от своих версий (параллельно работает все что хочешь)
даже установка в .net - копирование папки с прогой. никаких setup\реестров\конфликтов и т.п.
за это расплачиваемся местом на харде и требующимся количеством оперативы...

)