Да всё нормально будет.
Генератор перегрузиться и сгореть не может впринципе (ну может чё и получится если генератор накоротко замкнуть, но это не тот случай). Генератор имеет определённую максимальную мощность и бОльшую мощность не может выдать.
Нагрузка на генератор конечно возрастёт ибо два аккумулятора будут потреблять примерно вдвое больший ток заряда. Конечно в лучшую сторону на долговечность генератора это повлиять не может, но и моментально генератор из строя не выйдет. Хотя сколько он проработает с увеличеной нагрузкой тоже неизвестно...
Недозаряда тоже не будет. Реле-регулятор поддерживает определённое напряжение и поддерживает оно его что с одним, что с двумя аккумуляторами одинаковым. А заряд акумулятора как раз и идёт за счёт того, что напряжение выдаваемое генератором больше чем напряжение акумулятора.
В итоге кроме уменьшения рабочего ресурса генератора минусов особых нет.
Если Подключать второй акумулятор ненадолго (на пример во время запуска и прогрева двигателя) то вообще ничего страшного не произойдёт.
Подключать второй акумулятор надо проводами которые могут выдерживать ток около 300 ампер (сварочные кабели подходят идеально). Ибо если один из акумуляторов посажен наглухо, то весь ток при запуске двигателя пойдёт от заряженого акумулятора.
Но по моему так проще установить выключатель "массы", а если аккумулятор сам по себе садится, то попробовать его подзарядить малым током, а если не поможет то поменять.