Термин "низкоуровневое форматироватие" - очень нечёткий и надуманный. Попробую рассказать, как и в связи с чем он появился. Возможно, кому-то что-то станет понятнее.
Форматирование - это, вообще-то, размётка магнитного накопителя. Нанесение на него некоторой служебной информации. Возьмём дискету. Что она из себя предствляет физичеки ? Просто кусок пластика с некоей магнитной поверхностью, которую можно намагничивать неким образом. Особым образом намагничивая поверхность дискеты, можно модулировать нули и единицы. Чтобы записать на дискету информацию, а потом её считать на другой машине, надо договориться о способе её намагничивания. Тут ряд вопросов касающихся синхронизации, обнаружения и, если это возможно, дефектов поверхности. В общем, до 30% ёмкости дискеты уходит под эту самую служебную информацию. Это очевидно более низкий уровень, чем файловая система. Это, грубо говоря, нанесение на поверхность носителя информации о том, где и какого размера у нас сектора - служебная информация, необходимая для синхронизации на различных приводах.
Что было потом ? С лёкой руки создателей ряда операционных систем процесс форматирования накопителя и процесс создания файловой системы стал делаться одной командой. Очевидно, из желания сделать проще. Многие это тогда оценили, наверное, но выросли уже несколько поколений, для которых эти два понятия - суть одно и тоже. Это не так на самом деле. Надо это очень хорошо понимать.
Что было ещё дальше. Производители жёстких дисков исходя из желания увеличить ёмкость всеми возможными способами начали навешивать на жёсткий диск электронику, обманывающую операционную систему. На команду форматирования накопителя электроника жёстких дисков эмулирует бурную деятельность, на самом деле только лишь проверяя поверхность. Суть в том, что скорость вращения приводов магнитных накопителей различна и без форматирования накопителя там никак, иначе считать что-либо будет тяжело. Форматирование - это и информация для синхронизации. А у жёского диска скорость вращения постоянна и там форматирование в классическом исполнении вроде как особо ни кчему. Там есть своё форматирование, но оно делается на заводе гораздо более сильным полем, чем может выдать головка жёсткого диска. У флешек - там вообще форматировать нечего, флешь память изначально состоит из секторов, она так сделана.
Вот в эти самые времена и периоды начал повляться термин "низкоуровневое форматирование". Началалось это с BIOS-ов, в меню которой был пункт с соответсвующим названием. Ну нужно было объснить людям, почему это почему после форматирования, которое для абсолютного большинства уже есть создание файловой системы в том числе, MS-DOS "не видит диск".