Тем, что она сложнее в обучении... 
Давайте отойдём от абстракции и попробуем конкретизировать, в чем именно плюс усложнения обучения из-за МКПП?
Неужели весь смысл обучения на МКПП только в том, чтоб доставить проблем ученику? Как-то слишком легкомысленно это звучит. Может, есть реальные плюсы, которые дадут какие-то знания, которые могут очень помочь на дороге и на машине на АКПП?
Ra уже писал - давайте уберём гидроусилители руля. Пусть тормоз нажимается тяжело. Поворотники заставим включать флажками. А ещё лучше найдём машину Флинстоунов - нефиг на двигателе учиться, пусть сам ногами кузов тащат

Какой практический смысл в этом утяжелении?
Человек пришел обучатся вождению. Коробка - не последнее дело в авто? Надо информативно изучить? - Надо.
Устройство коробки изучается в школе. Ну и сейчас на площадке для сдачи эстакады. Для понимания принципов, по-моему, этого достаточно. Нет никакой насущной необходимости учиться поведению на дорогах именно на МКПП. Насущная необходимость появляется лишь в случае, если ученик планирует ездить на МКПП.
Ровной по этой же причине сейчас перестали в обычных школах учить прерывистому торможению, т.к. ABS на каждой первой машине уже. Это раньше автомобиль был сложным, а сейчас это современная кофемолка, если рассматривать его как устройство, которым необходимо пользоваться. То есть значительно упростился процесс обучения пользованию автомобилем, и основное время сосредоточено на обучении адекватному вождению.
Идеальное рассыпается в прах, прикоснувшись к действительному. (Автор Виктор Гюго)
Хорошая цитата. И хороша она тем, что каждый истолкует в свою пользу. Смотрите: ваши представления о необходимости обучения на МКПП рассыпаются в прах, глядя на действительность, в которой, как оказалось, уже нет такой жёсткой необходимости учиться на МКПП
