Важно, чтоб ученик понял, что такое - передача. В автомате этого нет...
Не так. Это должно быть при обучении, причём не важно, на АКПП или МКПП.
Раньше телефонистки вручную коммутировали сигналы, связывая людей. Сейчас ученикам разве что в качестве игрушки дадут пощёлкать какие-нибудь реле. Сейчас мы пользуемся телефонами и не задумываемся об устройстве и организации всей цепочки прохождения сигнала. Надо ли нам это? Нет. И работающим в этой сфере нет необходимости вручную делать то, что сейчас делает автоматика. Однако понимать происходящие процессы - важно. Но чтоб понять эти процессы - вручную коммутировать сигналы нет необходимости. Хотя, конечно, столкнись молодой студент со старым оборудованием, то не сразу прикинет, что к чему, а мастер старой закалки гордо ухмыльнётся и покажет молодняку, как тут всё устроено

На мой взгляд, с передачами в авто всё аналогично. Чтобы управлять автомобилем - не обязательно знать, как он устроен: вот газ, вот тормоз, вот руль - больше ничего не надо. От А до Б доехать можно. Кто хочет более гибко и осмысленно управлять автомобилем, например, чтобы быстрее ездить, но при этом безопасно, тому полезно углубиться в особенности поведения подвески, в передачи и т.п. Все эти знания дадут плюсы как в управлении авто с МКПП, так и с АКПП. Кто хочет по возможности сам ремонтировать своё авто, тем надо ещё больше углубляться... Однако ведь не всем это надо, как и в случае со стиральными машинами. Случись что - вызываем мастера.
Никто не безопаснее.
Никто не водитель. 
По секрету скажу: в среднем приходит понимание вождения, когда где-то хотя бы 5000 км накрутил...
Никто не водитель? Только чёрное и белое? Рост ученика до водителя эффективнее и быстрее происходит на автомате. Понятно, что скорость - не цель, и важно качество. Поэтому принципиальной разницы в качестве при хорошем учителе - нет.
Что касается 5000км - думаю, это индивидуально. Говорят, ещё есть у водителей некоторые кризисы - скажем, через 2 года (30 тысяч км), когда водитель слишком смелеет, думая, что теперь всё может и умеет. И расслабляется.
:bk:Экзамен - не экзамен.... ни понил.... 
Была попытка приравнять ежедневное вождение к экзамену ЕГЭ. Я попытался показать, что это не корректно.